Er entspringt in den Cobequid Mountains – etwa 25 km nördlich von Truro. Er fließt anfangs in östlicher Richtung, später wendet er sich allmählich nach Süden und Südwesten. Er durchfließt im Unterlauf ein gletschergeformtes Tal. Der Fluss passiert die Kleinstadt Truro und mündet schließlich in das nordöstliche Ende der Cobequid Bay, die zum Minas-Becken gehört. Der Salmon River hat eine Länge von etwa 50 km. Größere Nebenflüsse sind Black River von links und North River von rechts.
