Saint-Léger liegt etwa 37 Kilometer westnordwestlich von Agen an der Garonne, die die Gemeinde im Osten begrenzt und in die hier die Baïse mündet. Umgeben wird Saint-Léger von den Nachbargemeinden Monheurt im Norden, Aiguillon im Osten, Buzet-sur-Baïse im Süden, Damazan im Westen sowie Puch-d’Agenais im Nordwesten.