Saint-Éloi liegt etwa 4,5 Kilometer ostsüdöstlich von Nevers am rechten Ufer der Loire in der historischen Provinz des Nivernais. Die Gemeinde wird außer von der Loire vom Flüsschen Éperon, vom Ruisseau de Guipasse, vom Ruisseau du Cholet und verschiedenen kleineren Bächen entwässert. Ihr Zentrum liegt auf einer Höhe von etwa 190 m, das Bett der Loire etwa 20 Höhenmeter tiefer. Das Gelände steigt nach Norden zum Staatsforst Les Amognes hin auf über 240 m an.
Ein Teil des Gebiets von Saint-Éloi gehört zu den Natura 2000-Schutzgebieten „Vallées de la Loire et de l’Allier entre Cher et Nièvre“ (FR2600965), „Vallées de la Loire et de l’Allier entre Cher et Nièvre“ (FR2610004), „Bocages, forêts et milieux humides des Amognes et du bassin de la Machine“ (FR2601014) und „Bocages, forêts et milieux humides des Amognes et du bassin de la Machine“ (FR2612009) sowie von sechs ZNIEFF-Naturzonen.[1]
Etwa 55 % der Fläche der Gemeinde werden landwirtschaftlich genutzt, etwa 19 % sind bewaldet, insbesondere durch den Anteil am Staatsforst. Der Anteil an bebauter Fläche beträgt etwa 13 %, der an industrieller oder gewerblicher Fläche 8 % (Stand 2018).[2]
Eine Buslinie der Transportgesellschaft MOBIGO der Region Bourgogne-Franche-Comté verbindet Saint-Éloi mit Nevers und Imphy. Busse einer Linie des TER Bourgogne-Franche-Comté verbinden Saint-Éloi mit Nevers und Luzy. Eine Stadtbuslinie der Transportgesellschaft Taneo des Gemeindeverband verbindet die Gemeinde mit zahlreichen Haltestellen in Nevers.[7]