SYPRO Orange

Struktur von SYPRO Orange.[1] Laut Patent ist m = 2 – 10, n = 3 – 4,[2] laut Kroeger et al. ist m = 6 und n = 3.[3]

SYPRO Orange ist ein Fluoreszenzfarbstoff vom Merocyanin-Typ,[1] der im Zuge einer Proteincharakterisierung zur Proteinfärbung verwendet wird,[2] meistens in einer SDS-PAGE.[4][5]

Eigenschaften

SYPRO Orange bindet wie auch sein Analogon SYPRO Red selektiv an Proteine über 6,5 Kilodalton (auch Glykoproteine) in SDS-Micellen,[1] nicht jedoch an DNA oder Lipopolysaccharide.[6][7] SYPRO Orange ist gemäß Verordnung (EG) Nr. 1272/2008 (CLP) nicht als gefährlich eingestuft,[6] da seine Toxizität und Mutagenität aufgrund der geringen Produktionsmenge unbekannt ist. Das Absorptionsmaximum liegt bei λ = 470 nm, die Emission ist bei λ = 569 nm maximal.[8] Die Sensitivität bei SDS-PA-Gelen liegt mit SYPRO Orange bei etwa 4–8 ng Protein,[6][9] also etwas schlechter als bei der Silberfärbung. Aufgrund der Fluoreszenz besitzt die SYPRO Orange-Färbung bei einer Mengenabschätzung im Vergleich zur Silberfärbung oder Coomassie einen größeren linearen dynamischen Bereich, d. h. eine bessere Korrelation zwischen der Proteinmenge und der Signalintensität.[6] SYPRO Orange eignet sich nicht zur Färbung von Proteinen auf Western Blots, 2D-Gelen oder IEF-Gelen.[6] Im Gegensatz zur Silber- und Coomassie-Färbung werden zur Fixierung vor einer Färbung zwar auch Essigsäure, aber keine Alkohole wie Methanol oder Ethanol verwendet, da SYPRO Orange zur Färbung auf die Anwesenheit von SDS angewiesen ist.[9] SYPRO Orange wird als 10 mM Lösung in Dimethylsulfoxid geliefert.[10]

Einzelnachweise

  1. ↑ a b c Aleksandr Petrovich Demchenko: Advanced Fluorescence Reporters in Chemistry and Biology III: Applications in Sensing and Imaging Band 3 von Advanced Fluorescence Reporters in Chemistry and Biology. Springer 2011. ISBN 9783642180354. S. 179ff.
  2. ↑ a b Patent EP0774122B1: Protein-Färbung mittels Merocyanin Farbstoffe. Angemeldet am 20. Mai 1996, veröffentlicht am 19. August 2009, Anmelder: Molecular Probes Inc, Erfinder: Richard P. Haugland et al.‌
  3. ↑ T. Kroeger, B. Frieg, T. Zhang, F. K. Hansen, A. Marmann, P. Proksch, L. Nagel-Steger, G. Groth, S. H. Smits, H. Gohlke: EDTA aggregates induce SYPRO orange-based fluorescence in thermal shift assay. In: PLOS ONE. Band 12, Nummer 5, 2017, S. e0177024, doi:10.1371/journal.pone.0177024, PMID 28472107, PMC 5417642 (freier Volltext).
  4. ↑ T. H. Steinberg, L. J. Jones, R. P. Haugland, V. L. Singer: SYPRO orange and SYPRO red protein gel stains: one-step fluorescent staining of denaturing gels for detection of nanogram levels of protein. In: Analytical biochemistry. Band 239, Nummer 2, August 1996, S. 223–237, ISSN 0003-2697. doi:10.1006/abio.1996.0319. PMID 8811914.
  5. ↑ S. Gallagher, D. Chakavarti: Staining proteins in gels. In: Journal of visualized experiments : JoVE. Nummer 17, 2008, S. , ISSN 1940-087X. doi:10.3791/760. PMID 19066521. PMC 3253607 (freier Volltext).
  6. ↑ a b c d e Datenblatt SYPRO Orange Protein Gel Stain bei Sigma-Aldrich, abgerufen am 28. November 2013 (PDF).
  7. ↑ T. H. Steinberg, R. P. Haugland, V. L. Singer: Applications of SYPRO orange and SYPRO red protein gel stains. In: Analytical biochemistry. Band 239, Nummer 2, August 1996, S. 238–245, ISSN 0003-2697. doi:10.1006/abio.1996.0320. PMID 8811917.
  8. ↑ Harvey, P. H. & Pagel, M. D. The comparative method in evolutionary biology. Oxford University Press, Oxford (1991).
  9. ↑ a b Molecular Probes / Life Technologies: SYPRO Orange and SYPRO Red Protein Gel Stains. 2003. PDF.
  10. ↑ T. H. Steinberg: Protein gel staining methods: an introduction and overview. In: Methods in enzymology. Band 463, 2009, S. 541–563, doi:10.1016/S0076-6879(09)63031-7, PMID 19892191.