1960 wurde Lagos zum Sitz der Apostolischen Delegation für Zentral- und Westafrika. Nach dem Biafra-Krieg von 1967 bis 1970, bei dem die meisten ausländischen Missionare ausgewiesen wurden, konnten erst 1976 wieder diplomatische Beziehungen zwischen Nigeria und dem Heiligen Stuhl aufgenommen werden. 1982 besuchte Papst Johannes Paul II. Nigeria. Die katholische Kirche entwickelt sich zur größten christlichen Konfession des Landes, im Norden stellt sie eine religiöse Minderheit dar.
In den Siedlungsgebieten der Igbo gibt es einen hohen katholischen Anteil.[1] Im Norden des Landes übersteigt die Zahl der Muslime die der katholischen Christen deutlich. In Nigeria gibt es seit Einführung der Scharia im Jahr 2000 im mehrheitlich islamischen Norden des Landes massive Christenverfolgungen und gewalttätige Konflikte, hauptsächlich in den entsprechenden Gebieten, aber auch in benachbarten Bundesstaaten.[2] Bei Auseinandersetzungen um den Bau einer islamischen Moschee in einem christlichen Stadtteil von Jos starben im Januar 2010 über 200 Menschen.[3][4]