Zunächst fließt sie in südlicher Richtung durch ein unbewohntes Tal, wechselt dann bei Kell am See ihre Laufrichtung nach
Südwesten und durchfließt danach diese Gemeinde. Anschließend nimmt sie nordnordwestlich von Waldweiler rechtsseitig den Lehbach auf, um dann Niederkell zu durchqueren, dann fließt ihr linksseitig nordwestlich von Mandern der Burkelsbach zu; ihr Lauf führt durch ein enges und bewaldetes Tal und erreicht den Zerfer Ortsteil Frommersbach, wo sie links vom Waldbach und kurz danach in Zerf auf der gleichen Seite vom Großbach gespeist wird.
Ab dort schlängelt sich die Ruwer in großen Schleifen nach Nordwesten und passiert dabei Hentern. Bei der Burg Heid fließt ihr von links der Klinkbach zu, bei Hinzenburg wird sie auf der anderen Seite von der Rauruwer verstärkt; nun fließt sie weiterhin in großen Schleifen mehr und mehr nach Norden: Bei Schöndorf mündet von rechts der Entergraben, dann zieht die Ruwer östlich an Pluwig und am Gusterath-Tal vorbei. Bei Sommerau bildet sie den Sommerauer Wasserfall, südlich von Waldrach fließt ihr dann rechtsseitig ihr größter Nebenfluss zu, die Riveris.
Nun läuft die Ruwer in nordnordwestlicher Richtung, passiert dabei Kasel, Mertesdorf und Trier-Eitelsbach und mündet schließlich in Trier-Ruwer auf einer Höhe von ungefähr 123 m ü. NHN von Süden und rechts in die dort aus West-Südwesten heranziehende Mosel.
Ihr 48,7 km langer Lauf endet so ungefähr 527 Höhenmeter unterhalb ihrer Quelle – damit hat sie ein mittleres Sohlgefälle von ca. 11 ‰.
Im März 1993 wurde die Ruwer mit Nebenbächen in das seit 1989 bestehende Gewässerrandstreifenprogramm des Bundesumweltministeriums (BMU) aufgenommen.
Das Ziel des Projektes war es, das Gewässersystem zu einer weitgehend naturnahen Gewässer- und Auenlandschaft zu entwickeln und dauerhaft zu sichern. Das Projekt lief bis zum Jahre 2004, die Kosten des Projektes beliefen sich auf etwa 6,8 Millionen Euro und wurden vom BMU, dem Land Rheinland-Pfalz, dem Landkreis Trier-Saarburg, den Verbandsgemeinden Kell am See und Ruwer sowie der Stadt Trier getragen.[8]
Der Name lässt sich auf ein indogermanisches *Ruuara zurückführen, was so viel wie ‚die Aufreißende‘ bedeutet.[10] Passend dazu wurde die Ruwer 371 n. Chr. von dem römischen Dichter Ausonius in dem Gedicht Mosella wie folgt erwähnt: „Die Ruwer dreht in schwindelnden Wirbeln die kornzermahlenden Steine und zieht die kreischenden Sägen durch glatte Marmorblöcke.“
Ab 1720 wurde die Ruwer zum Abtransport des Hochwald-Holzes in die Mosel genutzt.
Zu dieser Zeit entstanden zahlreiche Schwemmweiher wie zum Beispiel der Siebenbornweiher südlich von Mandern.[5]
Weinbau
An gewissen Steillagen der Ruwer wird der Ruwerwein angebaut, führendes Gewächs ist hier der Riesling, von hier eine teils hochpreisige und international bekannte Marke.[11]