Nach dem Studium arbeitete er bis 1939 als freischaffender Architekt bei der Versicherung Magdeburger Land-Feuersozietät und war darüber hinaus auch als Dozent an der Staatlichen Ingenieurschule in Magdeburg tätig.
Im Jahr 1946 wurde er an die Hochschule für Baukunst und bildende Kunst in Weimar berufen. Von 1948 bis zu seiner Flucht nach Westdeutschland im Jahr 1951 war er Direktor der Staatlichen Ingenieurschule in Gotha.
In der Zeit von 1952 bis 1976 war er als freischaffender Architekt tätig. Bekannt wurde er vor allem durch seine zahlreichen Sportbauten, die ihm auch international viel Anerkennung einbrachten. In dieser Zeit war er auch Professor an der Technischen Universität München, an der Friedrich-Alexander-Universität Erlangen-Nürnberg und an der Universität Augsburg. Darüber hinaus war er auch Lehrbeauftragter an der Bayerischen Sportakademie sowie Leiter der Staatlichen Beratungsstelle für Turn- und Sportstättenbau in Bayern.
Nach Schließung des Architekturbüros widmete er sich ab 1977 bis zu seinem Tod[3] ausschließlich der Malerei und Fotografie.
Rudolf Ortner war verheiratet mit Annalies Bach (1912–2008), einer Urenkelin des Porträtmalers und Hofmusikers Johann Philipp Bach aus der bekannten Bachfamilie. Ihre gemeinsame Tochter Monika Ortner-Bach wurde später Kuratorin.
Rudolf Ortner: Bauhaus-Schüler 1932–1933, Architekt 1936–1976, Maler und Fotograf 1977–1997; Monika Ortner-Bach; I. Holzapfel Verlag, München 2007, ISBN 978-3-926098-08-5.
Mehr als der blosse Zweck: Mies van der Rohe am Bauhaus 1930–1933; Bauhaus-Archiv, Berlin, 2001
Magdalena Droste, Jeannine Fiedler: Experiment Bauhaus. Das Bauhaus-Archiv Berlin (West) zu Gast im Bauhaus Dessau.Kupfergraben Verlag, Berlin 1988.
Der vorbildliche Architekt. Mies van der Rohes Architekturunterricht 1930–1958 am Bauhaus und in Chicago.Nicolaische Verlagsbuchhandlung, Berlin 1986.
Sammlungs-Katalog (Auswahl): Architektur, Design, Malerei, Graphik, Kunstpädagogik; Gebrüder Mann Verlag, Berlin 1981.
Buchpublikationen (Auswahl)
Bauhaus-Archiv Berlin: Museum für Gestaltung / die Sammlung; Magdalena Droste, Karsten Hinz, Klaus Weber, Christian Wolsdorff; Senat Berlin Museumspädagogischer Dienst, Berlin, 1999
Erfurter Gespräch, 30-minütiges Interview zum Bauhaus-Jubiläum, MDR, 1994
Nachlass
Der architektonische Nachlass (Zeichnungen und Bauakten) befindet sich im Deutschen Architekturmuseum (DAM) in Frankfurt am Main. Zusätzlich wurden aus der Bibliothek von Rudolf Ortner die Architekturbücher an die Bibliothek des DAM übergeben.
↑Doris Schmidt: Poet der Konstruktivisten. Zum Tod des Bauhauskünstlers Rudolf Ortner. In: Süddeutsche Zeitung vom 14. November 1997.
↑Sporer. In: Berufsverband Bildender Künstler/innen. Abgerufen am 7. Juni 2022 (deutsch).
↑Rudolf Ortner – Bauhausschüler, Architekt und Maler. In: meisterhaeuser.de. Stadt Dessau-Roßlau; Amt für Kultur, Tourismus und Sport & Meisterhäuser Dessau, archiviert vom Original (nicht mehr online verfügbar) am 3. April 2009; abgerufen am 30. März 2009.