Am 16. März 1885 gründeten neun Personen den Ruderverein Neptun. 1887 gehörte der Verein zu den ersten Mitgliedern des Schweizer Ruderverbands. Erst 1891 trat der Verein dem Süddeutschen Ruderverband bei. 1894 löste das neu errichtete Bootshaus das alte aus der Gründungszeit des Vereins ab.[1] Im August 1924 erschien erstmals eine Vereinszeitung.[2] Seit 1931 rudern auch Frauen im Ruderverein Neptun. 1938 wurde von Seiten des Staats mit dem Bau einer neuen Rheinbrücke begonnen, das Bootshaus des Rudervereins musste dem Neubau weichen. 1949 wurde der Verein wiedergegründet und mit dem Wiederaufbau eines Bootshauses und eines Steges begonnen.[3] 1956 war die Einweihung eines neuen Bootshauses. 1976 änderte der Verein seine Satzung. Aus Kostengründen sollte der Leistungssport weniger, der Breitensport stärker gefördert werden.[4] Erst in den 2000er Jahren kehrten Konstanzer Ruderer zurück in die nationale Spitze.[5]
Das Bootshaus befindet sich am Seerhein. Gerudert wird auf dem Rhein und auf dem Bodensee.