Er wuchs in einer jüdischen Familie in Győr, Ungarn, auf. Sein Vater Leon Zuckerkandl (1819–1899) stammte aus dem Dorf Bądy in Masuren. Seine Mutter Eleonore (1828–1900) war eine geborene König.
Zuckerkandl war verheiratet mit der fünf Jahre jüngeren Therese Zuckerkandl, geborene Kern, aus Gleiwitz. Da die Ehe kinderlos blieb, adoptierten sie Helene Nothmann, geboren 1880 in Rio de Janeiro. Nach Zuckerkandls Tod zog seine Frau mit der Adoptivtochter nach Jena und ließ sich 1927 dort durch Walter Gropius eine moderne Villa erbauen, die zwei Jahre später fertig wurde und mit Möbeln von Richard Riemerschmid ausgestattet wurde. Nach Erhalt ihres Deportationsbescheides nahm sich Therese Zuckerkandl am 10. September 1942 das Leben. Helene folgte ihr am 14. Juni 1944.[2]
Zur Theorie des Preises mit besonderer Berücksichtigung der geschichtlichen Entwicklung der Lehre, Wien 1889, 2., unveränderte Aufl. Stein & Co., Leipzig 1936, ISBN 978-90-6090-121-2.