Remigio Morales Bermúdez trat 1854 in die peruanische Armee ein und kämpfte im Salpeterkrieg. Er verbündete sich mit Andrés Avelino Cáceres, dem Nationalhelden und Gründer des Partido Constitucional, gegen den Präsidenten Miguel Iglesias. Unter Cáceres war er ab 1886 Vizepräsident. Nach der Amtszeit von Cáceres wurde er 1890 peruanischer Präsident.
Er bekämpfte die Opposition um Nicolás de Piérola mit repressiven Maßnahmen. Außenpolitisch schloss er einen Vertrag mit Ecuador zur Festlegung der Grenzen und verhandelte mit Chile zur Beilegung des Streits um Tacna und Arica.
Morales Bermúdez starb 1894 nach kurzer Krankheit während seiner Amtszeit.