Das Regionale Schutzgebiet Choquequirao, span. Área de Conservación Regional Choquequirao, befindet sich in der Region Cusco in Südzentral-Peru. Das Schutzgebiet wurde am 23. Dezember 2010 eingerichtet. Die Regionalregierung von Cusco ist die für das Schutzgebiet zuständige Behörde. Das Schutzgebiet besitzt eine Größe von 1038,14 km². Es dient der Erhaltung einer Berglandschaft mit den sich dort befindlichen archäologischen Fundstätten. Es wird in der IUCN-Kategorie VI als ein Schutzgebiet geführt, dessen Management der nachhaltigen Nutzung natürlicher Ökosysteme und Lebensräume dient.
Das Schutzgebiet umfasst im äußersten Süden die namengebende archäologische Fundstätte Choquequirao. Es umfasst Nebelwälder, temporär trockene Bergwälder sowie teils vergletscherte Gebirgskämme. Es grenzt im Osten an das Schutzgebiet Santuario Histórico de Machupicchu.
Regionale Schutzgebiete (Áreas de Conservación Regional) in Peru