Er wird in erster Linie aus dem Schmelzwasser der Anden gespeist. Der Fluss hat eine mittlere Durchflussmenge von 56 m³/s. Er ist 500 km lang und sein Einzugsgebiet umfasst eine Fläche von 39.906 km².
Der Oberlauf des Flusses wird für Wassersportarten wie Rafting und Angeln sowie Windsurfen und Schwimmen am Ullum-Stausee genutzt. Über seine gesamte Länge wird das Wasser des Río San Juan vor allem zur Bewässerung eingesetzt.
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