PubChem

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PubChem ist eine freie Datenbank chemischer Verbindungen.[1][2] PubChem wird unterhalten vom nationalen Zentrum für Biotechnologische Information der USA (National Center for Biotechnology Information, NCBI), einem Bestandteil der nationalen medizinischen Bibliothek der USA (United States National Library of Medicine, NLM), die Teil des nationalen Instituts für Gesundheit der USA (National Institutes of Health, NIH) ist.

PubChem ist mit den anderen Datenbanken des Entrez-Portals wie z. B. PubMed verlinkt. Neben den üblichen Merkmalen zur Textsuche bietet PubChem eine Struktur- und Substruktursuche auf Basis von gezeichneten Strukturformeln an. Alternativ kann eine Struktur auch über eine Datei eingelesen werden.

Geschichte

Im Jahr 2004 war die erste Veröffentlichung der Datenbank, d. h. der Beginn von PubChem.[3]

Datensätze

Es sind 824 Datenquellen (Stand 2021) an PubChem angeschlossen.[4]

Die folgenden Datensätze werden durch PubChem abgebildet (Stand 2021):[5][6]

Kollektion[7] Einträge Original-Beschreibung (englisch) zu Deutsch (Google Translate)
Compounds 110.953.228 Unique chemical structures extracted from contributed PubChem Substance records Einzigartige chemische Strukturen, die aus beigesteuerten PubChem-Substance-Datensätzen extrahiert wurden
Substances 276.898.579 Information about chemical entities provided by PubChem contributors Von PubChem-Mitwirkenden bereitgestellte Informationen zu chemischen Stoffen
BioAssays 1.391.562 Biological experiments provided by PubChem contributors Biologische Experimente von PubChem-Mitwirkenden
Bioactivities 292.633.795 Biological activity data points reported in PubChem BioAssays In PubChem BioAssays gemeldete Datenpunkte zur biologischen Aktivität
Genes 103.715 Gene targets tested in PubChem BioAssays and those involved in PubChem Pathways In PubChem BioAssays (Bioaktivitätstests) getestete Gen-Targets und solche, die an PubChem Pathways beteiligt sind
Proteins 96.561 Protein targets tested in PubChem BioAssays and those involved in PubChem Pathways In PubChem BioAssays getestete Protein-Targets und solche, die an PubChem Pathways beteiligt sind
Taxonomy 531.241 Organisms of targets tested in PubChem BioAssays and those involved in PubChem Pathways In PubChem BioAssays getestete Zielorganismen und solche, die an PubChem Pathways beteiligt sind
Pathways 238.597 Interactions between chemicals, genes, and proteins Wechselwirkungen zwischen Chemikalien, Genen und Proteinen
Literature 33.276.936 Scientific publications with links in PubChem Wissenschaftliche Publikationen mit Links in PubChem
Patents 28.543.965 Patents with links in PubChem Patente mit Links in PubChem

Zitation

Die gewünschte Zitation der Datenbank ist wie folgt:[8] 

Kim S, Chen J, Cheng T, Gindulyte A, He J, He S, Li Q, Shoemaker BA, Thiessen PA, Yu B, Zaslavsky L, Zhang J, Bolton EE. PubChem in 2021: new data content and improved web interfaces. Nucleic Acids Res. 2021 Jan 8; 49(D1):D1388–D1395. doi:10.1093/nar/gkaa971.
[PubMed PMID 33151290] [PubMed Central PMCID: PMC7778930] [Free Full Text]

Eine Detailbeschreibung und weitere Beispiele können dem Handbuch entnommen werden.[9]

Literatur

  • S. Kim, P. A. Thiessen, T. Cheng u. a.: Literature information in PubChem: associations between PubChem records and scientific articles. In: J Cheminform. Band 8, 2016, S. 32. doi:10.1186/s13321-016-0142-6
  • PubChem. In: Encyclopedia of Genetics, Genomics, Proteomics and Informatics. Springer, Dordrecht 2008. doi:10.1007/978-1-4020-6754-9_13806
  • P. M. Selzer, R. J. Marhöfer, O. Koch: Biologische Datenbanken. In: Angewandte Bioinformatik. Springer Spektrum, Berlin/ Heidelberg 2018. doi:10.1007/978-3-662-54135-7_2

Siehe auch

Einzelnachweise

  1. ↑ DATABASE: Small-Molecule Central. In: Science. Band 306, Nr. 5697, 29. Oktober 2004, S. 787–787, doi:10.1126/science.306.5697.787a.
  2. ↑ Sunghwan Kim: Exploring Chemical Information in PubChem. In: Current Protocols. Band 1, Nr. 8, August 2021, doi:10.1002/cpz1.217, PMID 34370395, PMC 8363119 (freier Volltext).
  3. ↑ News. 16. September 2004, abgerufen am 16. November 2021 (englisch).
  4. ↑ Data Sources - PubChem. Abgerufen am 15. November 2021.
  5. ↑ PubChem Statistics. Abgerufen am 15. November 2021.
  6. ↑ Data Organization. Abgerufen am 15. November 2021.
  7. ↑ What's in PubChem? Abgerufen am 16. November 2021.
  8. ↑ Publications. Abgerufen am 15. November 2021.
  9. ↑ Citation Guidelines. Abgerufen am 16. November 2021.