Die Prva Liga FBiH 2012/13 war die insgesamt 18. Saison der zweithöchsten Spielklasse der Föderation Bosnien und Herzegowina und die 13. als Prva Liga FBiH im Fußball der Männer. Sie begann am 11. August 2012 und endete am 8. Juni 2013.
16 Mannschaften starteten in die Saison und spielten aufgeteilt in einer Hin- und einer Rückrunde jeweils zwei Mal gegeneinander. FK Krajišnik Velika Kladuša zog in der Winterpause zurück. Daraufhin wurden die absolvierten Spiele annulliert und der Verein stand als erster Absteiger fest.
Der Meister stieg in die Premijer Liga 2013/14 auf, während die letzten vier Teams in die drittklassige Druga Liga abstiegen.