Die Premjer-Liga 2012/13 war die 21. Spielzeit der höchsten russischen Spielklasse im Fußball. Sie startete am 20. Juli 2012 mit der Partie Mordowija Saransk gegen Lokomotive Moskau und endete am 26. Mai 2013. Vom 13. Dezember 2012 bis zum 10. März 2013 wurde sie durch die Winterpause unterbrochen.
Die 16 Mannschaften spielten an insgesamt 30 Spieltagen aufgeteilt in einer Hin- und einer Rückrunde jeweils zwei Mal gegeneinander. Die letzten zwei Vereine stiegen direkt ab. Der Dritt- und Viertletzte spielte in der Relegation gegen den Abstieg.
Ab dieser Saison darf eine Mannschaft sieben ausländische (nicht russische) Spieler gleichzeitig auf dem Spielfeld haben, anders als in der vorangegangenen Saison, als das Limit bei sechs Ausländern pro Mannschaft lag. Die neue Regel gilt bis 2017.
Die beiden Teams auf den Relegationsplätzen spielten am 30. Mai und 3. Juni 2013 gegen den Dritten bzw. Vierten der Perwenstwo FNL um zwei Startplätze für die folgende Premjer-Liga-Saison.