In den Folgejahren hielt er sich in Rom auf, wo er unter anderem antike Statuen restaurierte. Es wird vermutet, dass er auch Aufträge für den Papst Gregor XIII. ausführte. Um 1584 zog er nach Neapel, wo er zahlreiche plastische Werke für verschiedene Kirchen fertigte. 1594 weilte er abermals in Florenz, wo er zusammen mit Giovanni Caccini an einem Relief der Heiligen Dreifaltigkeit arbeitete. 1596 war er abermals in Neapel tätig. Um die Jahrhundertwende ging er eine Werkstattgemeinschaft mit Michelangelo Naccherino ein, mit dem er unter anderem den Neptunbrunnen in Neapel schuf. Gegen 1605/06 siedelte er nach Rom über, wo er in den Dienst von Papst Paul V. trat. Ab 1617 arbeitete er immer häufiger mit seinem Sohn Giovanni Lorenzo Bernini zusammen.
Pietro Bernini gilt als äußerst tüchtiger Künstler, dessen Gesamtwerk aber kaum eigene Erfindungen aufweist. Beeinflusst von den verschiedensten Stilen und Schulen, bietet es kein einheitliches Bild.