Peter Musaeus (auch: Petrus Musaeus; * 7. Februar 1620 in Langewiesen; † 20. Dezember 1674 in Kiel) war ein deutscher evangelischer Theologe, Logiker und Metaphysiker.
Geboren als Sohn des einstigen Schulrektors in Ilmenau und Pfarrers in Langewiesen und seiner Frau Sibylla, die Tochter des Bürgermeisters von Ilmenau Johann Sturm und seiner Frau Sibylla Wirth, erhielt er seinen ersten Unterricht daheim bei seinem Vater, und nachdem sein Vater nach Dannheim gezogen war, um seinen fünf Söhnen, unter ihnen auch Johannes Musaeus, eine gediegene Ausbildung zu ermöglichen, besuchte er die berühmte gräfliche Schule in Arnstadt. Dort konnte er aufgrund seiner guten Geistesanlagen auch einige Klassen überspringen, Disputationsrunden abhalten und sich so auf ein Hochschulstudium vorbereiten. 1638 bezog er die Universität Jena, wo er unter anderem bei dem berühmten Philosophen Daniel Stahl studierte und 1640 den akademischen Grad eines Magisters der Philosophie erwarb.
Er blieb noch vier Jahre in Jena und bildete sich über die Universitäten Leipzig, Wittenberg und Helmstedt, wo er zunächst ein Studium der Medizin aufnehmen wollte. Er versuchte sich an dem Studium der Rechtswissenschaften, erkor aber schlussendlich das Studium der Theologie als sein Lebensziel und fand Aufnahme im Haus von Georg Calixt, der ihn mit seiner Lehre nachhaltig beeinflusste. Zurückgekehrt nach Jena wollte er sich zur Fortsetzung seines akademischen Lebens an die Universität Königsberg begeben, erhielt jedoch von der Landgräfin Amalia Elisabeth von Kassel kurz vor seinem Aufbruch eine Berufung als ordentlicher Professor für Logik und Metaphysik an der Universität Rinteln, die er am 7. Juli 1648 annahm.
In Rinteln promovierte er zum Doktor der Theologie, übernahm die theologische Professur, nahm 1661 am Religionsgespräch in Kassel teil und war 1663 Ordinarius der Theologie in Rinteln. Nachdem er sich im selben Jahr nach Helmstedt begeben hatte, berief ihn 1665 der Herzog von Schleswig-Holstein als Professor primarius und ersten halbjährlichen Prorektor an die junge Universität Kiel. Er wurde bald darauf Prokanzler, welches Amt er neun Jahre mit der Aufsicht über die fürstlichen Alumnen und Tischgenossen versehen sollte, und verteidigte sich 1670 gegen den Vorwurf der „synkretistischen Lehrabweichung“. In Kiel nahm seine Gesundheit zunehmend Schaden, und er starb an den Folgen eines Herzanfalls.
Am 15. Juni 1655 heiratete er Anna Maria († 25. Dezember 1661), die Tochter des Superintendenten von Hameln, Heinrich Sannemann. Aus der zehnjährigen Ehe sind drei Söhne hervorgegangen:
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