Als Kapitän zur See(Captain) fungierte er daraufhin zwischen Mai 2002 und 2004 als Kommandant des amphibischen LandungsschiffsAlbion[1] sowie danach im Marinestab im Verteidigungsministerium(Ministry of Defence) als Kommodore(Commodore) von Oktober 2004 bis August 2005 als Leiter der Personalabteilung der Marine (Director of Naval Personnel).[2] Für seine Verdienste wurde er 2005 Commander des Order of the British Empire (CBE). Danach verblieb er in der Admiralität und fungierte zwischen September 2005 und Dezember 2007 als Leiter der Abteilung Marineplanung und Ressourcen (Director of Naval Plans and Resources) im Verteidigungsministerium.[3] Anschließend wurde er 2008 Kommandeur der Amphibischen Einsatzgruppe (Commodore, Amphibious Task Group) und hatte diese Funktion bis Mai 2009 inne.[4]
Im Juni 2009 übernahm Konteradmiral(Rear-Admiral) Peter Derek Hudson von Konteradmiral Philip Jones das Amt als Kommandeur der Marineeinsatzstreitkräfte des Vereinigten Königreichs COMUKMARFOR (Commander, United Kingdom Maritime Forces) und übte dieses bis Januar 2011 aus, woraufhin Konteradmiral Duncan Potts ihm nachfolgte.[5] Im Februar 2011 wechselte er ins Flottenkommando und hatte dort bis Januar 2013 den Posten als Chef des Stabes für Einsatzfähigkeit (Chief of Staff (Capability), The Fleet) inne.[6] Zuletzt wurde er Vizeadmiral(Vice-Admiral) und löste im Februar 2013 Vizeadmiral Sir George Zambellas als Kommandeur des Alliierten Marinekommandos der NATO MARCOM (Commander, Allied Maritime Command) ab. Er vebrlieb in dieser Funktion bis zu seinem Ausscheiden aus dem aktiven Militärdienst im Oktober 2015 und wurde daraufhin von Vizeadmiral Clive Johnstone abgelöst.[7] Im Zuge New Year Honours wurde er am 1. Januar 2015 Companion des Order of the Bath (CB).[8]
Nach seinem Eintritt in den Ruhestand wechselte Hudson in die Rüstungsindustrie und war zunächst zwischen 2016 und 2018 Direktor für internationale maritime Programme von L3 Technologies. Seit 2018 ist er Leitender Marineberater von BAE Systems.