Er begann seine musikalische Karriere 1922 als Schlagzeuger in Kansas City (Missouri) und lernte erst mit 18 Jahren das Klavierspiel. Von 1926 bis 1938 arbeitete er als Pianist, oft zusammen mit Big Joe Turner. 1938 traten die beiden in der New YorkerCarnegie Hall auf. Dieses Konzert löste ein Boogie-Woogie-Fieber aus, und Johnson gehörte von da an mit Meade Lux Lewis und Albert Ammons, die ebenfalls bei dem Konzert gespielt hatten, zu den führenden Pianisten seiner Zeit. Die drei Musiker traten häufig auch als Trio auf. Im Gegensatz zu den zwei anderen fühlte er sich aber als Mitglied einer Band wohler als Solist.[2]
Johnson war zudem ein hervorragender Stride-, Swing- und Blues-Pianist, was zahlreiche Veröffentlichungen nachhaltig beweisen.
Im Mai 1949 trat er auf dem Pariser Festival International 1949 de Jazz auf. 1950 zog Johnson nach Buffalo und trat trotz gesundheitlicher Probleme weiterhin auf, vor allem mit Jimmy Rushing und Big Joe Turner. 1958 erlitt er einen Schlaganfall, der ihn teilweise lähmte. Als der deutsche Jazzfan H. Maurer, dessen The Pete Johnson Story 1965 herauskam, Geld für ihn sammelte, war er ziemlich verarmt. Pete Johnson starb im 1967 im Alter von 62 Jahren.
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