Küffer startete ihre Karriere 2004 mit dem FC Frick. In Frick spielte sie nur ein Jahr und wechselte dann in das Jugendinternat des FC Aarau.[2] Sie durchlief drei Jahre die D-Jugend bis B-Jugend des FC Aarau und schloss sich 2008 dem FC Schlieren an.[3] Bei Schlieren reifte sie zur Juniorennationalspielerin und wurde in der Saison 2009/10 zum FC Zürich transferiert.[4] In Zürich kam sie nicht zurecht und kehrte daher nach einer Saison im Juni 2010 zum FC Schlieren zurück. In Schlieren gab sie in der Saison 2010/11 ihr Seniorendebüt und reifte zur A-Nationalspielerin.[5] Dies brachte ihr am 9. Juli 2012 einen Vertrag beim deutschen Bundesliga-Aufsteiger VfL Sindelfingen ein.[6] In Sindelfingen verletzte sie sich gleich im ersten Training schwer und kam bis zum Dezember 2012 zu keinem Einsatz. Aus diesem Grund wurde ihr Vertrag am 14. Januar 2013 aufgelöst und sie wechselte zurück in die Schweiz zum Grasshopper Club Zürich.[7]