Nachdem Yoneda 1952 seinen Abschluss am mathematischen Institut der naturwissenschaftlichen Fakultät der Universität Tokio gemacht hatte, wurde er dort zum Assistenzprofessor ernannt.
Nach Gründung des Instituts für Informatik 1971 an der naturwissenschaftlichen Fakultät der Universität Tokio wurde er dort im darauf folgenden Jahr Professor für Theoretische Grundlagen der Informatik. Nach seinem Ruhestand 1990 wechselte er zur Universität Tōkyō Denki Daigaku und lehrte dort bis März 1996.