Der Verein wurde 1991 als Tonan Club (都南クラブTonan Kurabu) gegründet. Zur Saison 1997 erreichte er die oberste Liga der Präfektur Nara und verblieb dort für die nächsten zehn Jahre. Im Jahr 2008 erfolgte die Umbenennung zu Nara Club.
Der Namenswechsel schien die Mannschaft zu beflügeln, denn sofort gelangen zwei Aufstiege in Folge, so dass diese sich zu Beginn der Saison 2010 in der Division 1 der Kansai-Regionalliga wiederfand. Bereits ein Jahr später errang Club Nara sogar den Meistertitel und qualifizierte sich somit für die nationale Regionalligen-Finalrunde, schied dort jedoch in der Vorrunde aus.
Mit Bekanntgabe des Plans der Gründung der J3 League bewarb der Verein sich im Jahr 2013 zunächst erfolgreich um die Aufnahme als sogenanntes „außerordentliches J.-League-Mitglied“. Kurze Zeit später kam jedoch die Entscheidung: Zunächst wurde mit Hinweis auf ein unzureichendes Stadion der Antrag auf eine J3-Lizenz zurückgewiesen, nur wenig später lehnte auch die Japan Football League die Aufnahme von Club Nara als Nachrücker ab. So musste der Verein in der darauffolgenden Saison 2014 wieder in der Regionalliga antreten und erzielte dort das erfolgreichste Saison der bisherigen Vereinsgeschichte. Im Juli besiegte die Mannschaft zuerst überraschend den Erstligisten Vegalta Sendai in der zweiten Runde des Kaiserpokals. Zwei Monate später gewann der Club nach drei Jahren wieder die Regionalliga-Meisterschaft mit zwei Punkten Vorsprung vor dem FC Osaka, und auch die darauf folgende Regionalliga-Finalrunde konnte Nara als Sieger, abermals vor dem FC Osaka, beenden was gleichbedeutend mit dem Aufstieg in die JFL war.
Nachdem Club Nara im Jahr 2014 eine J3-Lizenz erhalten hatte, stand seitdem im sportlichen Erfolgsfall (also dem Erreichen einer Abschlussplatzierung unter den besten Vier der Japan Football League) einem weiteren Aufstieg nichts mehr im Wege. Während man die kommenden Spielzeiten stets im Tabellenmittelfeld abschloss, gelang es dem Verein in der Saison 2022 schließlich, Meister der Japan Football League zu werden, sodass Club Nara in der Saison 2023 erstmals an der J3 League teilnimmt.
Erfolge
Japan Football League
1. Platz: 2022
Japanische Fußball-Regionalligen-Finalrunde
Sieger: 2014
Kansai Soccer League
Division 1: 1. Platz: 2011, 2014
Division 1: 2. Platz: 2012
Division 2: 1. Platz: 2009
Nara Prefectural League
Division 1: 1. Platz: 2001, 2004, 2006
Division 1: 2. Platz: 2000, 2008
Division 2: 1. Platz: 1996
Division 3: 1. Platz: 1995
Division 4: 1. Platz: 1994
Division 5: 1. Platz: 1993
Stadion
Der Verein trägt seine Heimspiele im Kōnoike Athletic Stadium (jap.奈良市鴻ノ池陸上競技場, Narashi Kōnoike Rikujō-kyōgijō) in Nara in der Präfektur Nara aus. Das Stadion, dessen Eigentümer die Stadt Nara ist, hat ein Fassungsvermögen von 30.600 Zuschauern.