Beňová war von 1999 bis 2001 Generalsekretärin der Smer und von 2000 bis 2004 stellvertretende Vorsitzende der Partei. Sie war von 2002 an Mitglied des Nationalrats der Slowakischen Republik und dort Vorsitzende des Ausschusses für europäische Integration. 2003 wurde sie Beobachterin im Europäischen Parlament, ehe sie 2004 vollwertiges Mitglied wurde. Im Oktober 2023 trat sie aus der S&D-Fraktion aus, nachdem die Mitgliedschaft ihrer Partei in der Sozialdemokratischen Partei Europas suspendiert worden war.[1]
