Der Mitropapokal 1988/89 war die 48. Auflage des Fußballwettbewerbs. Baník Ostrava gewann das in Hin- und Rückspiel ausgetragene Finale gegen FC Bologna.
Das Hinspiel fand am 20. Oktober, das Rückspiel am 2. November 1988 statt.
Das Hinspiel fand am 16. November, das Rückspiel am 8. Dezember 1988 statt.
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