Am 3. Juli 1989 wurde er zum Bischof von Pécs ernannt.
Im Herbst 2010 wurde in der ungarischen Presse über schwerwiegende Vorwürfe gegen Mayer berichtet. Danach sollte die Staatsanwaltschaft gegen Mayer in 40 verschiedenen Strafsachen ermitteln. Mayer dementierte seine Beteiligung an den vorgeworfenen Delikten, sah sich aber dennoch zum Rücktritt gezwungen. Papst Benedikt XVI. nahm am 19. Januar 2011 sein Rücktrittsgesuch an.[1]