Die Meistriliiga 1993/94 war die dritte Spielzeit der höchsten estnischenFußball-Spielklasse der Herren. Es war zugleich die dritte seit der Unabhängigkeit von der Sowjetunion im Jahr 1991.
Zwölf Mannschaften spielten an insgesamt 22 Spieltagen aufgeteilt in einer Hin- und einer Rückrunde jeweils zwei Mal gegeneinander. Bei Punktgleichheit zählte der direkte Vergleich. Zwei Mannschaften waren am Saisonende punktgleich. Der Meister wurde in einem Entscheidungsspiel ermittelt. Den Titel gewann FC Flora Tallinn gegen Titelverteidiger FC Norma Tallinn.[1]
JK Kalev Sillamäe zog sich vier Spieltage vor Saisonende zurück. FC Tevalte Tallinn wurde nach dem vorletzten Spieltag wegen Verdachts der Spielmanipulationen disqualifiziert und auf den letzten Tabellenplatz versetzt.
JK Kalev Sillamäe zog sich nach achtzehn Spielen zurück. Alle noch ausstehenden Spiele wurden als torlosen Sieg für die Gegner gewertet.
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FC Tevalte Tallinn wurde vor dem letzten Spieltag aufgrund des Vorwurfs von Spielmanipulationen disqualifiziert. Das letzte noch ausstehende Spiel wurde als torlosen Sieg für
JK Trans Narva gewertet.