Mary Island befindet sich im südlichen Drittel des LakeHauroko, rund 3,8 km südlich von Queenstown entfernt. Die Insel, die eine Höhe von 363 m über dem Meeresspiegel und eine Fläche von rund einem Quadratkilometer besitzt, hat eine Länge von rund 2 km in Nordnordwest-Südsüdost-Richtung und eine maximale Breite von rund 760 m in Ost-West-Richtung. Der Abstand zum Ufer des Sees beträgt nach Norden lediglich rund 15 m. Die Insel schließt mit ihrer Länge zur Hälfte einen nach Osten abgehenden Seitenarm des Sees ab.[2][3]