Im Jahre 1870 kam Rautanen auf Einladung von Carl Hugo Hahn ins heutigen Namibia. Er war dort von 1873 bis 1880 in der Omandongo-Mission beschäftigt, ehe er nach Olukonda ging. 1889 errichtete er zusammen mit Karl August Weikkolin in Olukonda die erste Kirche, Nakambale. 1891 kehrte er in seine Heimat zurück und kam erst 1904 nach Deutsch-Südwestafrika zurück. Er ging bis 1920 seiner Missionsarbeit nach.
Rautanen war mit Anna Frida Friederike Rautanen, geb. Kleinschmidt (1854–1937), aus Rehoboth verheiratet. Sie war eine Tochter des deutschen Missionars Franz Heinrich Kleinschmidt und Hanna Schmelens, der Tochter von Zara und Heinrich Schmelen. Sie hatten fünf Kinder; Heinrich Bernhard Waldemar (1874–1880), Reinhold (1876–1927), Anna Matilde (1878–1956), Johanna Emilia (1883–1956) und Frieda Katharina (1889–1896).
Er und seine Familie fanden auf dem Friedhof von Olukonda ihre letzte Ruhestätte, neben zahlreichen der Ondonga-Könige der Ondonga.
Rautanen ist auf einer Briefmarke der namibischen Post zum 125-jährigen Jubiläum der finnisch-namibischen Beziehungen (1995) verewigt.
Die Ondonga (in Amboland), in: Rechtsverhältnisse von eingeborenen Völkern in Afrika und Ozeanien, S.R. Steinmetz (Hrsg.), Berlin 1903.
Literatur
Matti Peltola: Nakambale, The life of Dr. Martin Rautanen, Finnish Evangelical Lutheran Mission, Helsinki 2002, ISBN 9789516242982.
K. Groop: Behind the Memory of the Finnish Missionary in Namibia. Intertwined Histories, 2019, S. 9–16.
S. Heininen: The Letters of Martti Rautanen to Carl Hugo Hahn, 1888-1895. Intertwined Histories, 2019, S. 22–28.
M. Kaartinen: Martti Rautanen as the Agricola of Owambo. Intertwined Histories, 2019, S. 134–141.
R. Nghitevelekwa, N. Shiweda: Omandongo: “The site of the forsaken mission station, and a reminder of the plights of pioneering times”., Intertwined Histories, 2019, S. 7–21.