Er war ein Sohn des markgräflich-brandenburgischen Rats und Bürgermeisters Martin Benckendorff. Seine Mutter Elisabeth war die Tochter des Frankfurter Ratsherrn Sebastian Döring. Der Bruder Christoph wurde später brandenburgischer Vizekanzler.
Bereits im Alter von 13 Jahren begann Martin Benckendorf ein Studium der Philosophie an der Universität Frankfurt (Oder). Als 1565 dort die Pest ausbrach, ging er vorübergehend nach Wittenberg, kam aber bald wieder zurück. Ein Jahr später wurde er Magister und übernahm für zwei Jahre das Dekanat der Philosophischen Fakultät.
Martin Benckendorf kehrte nach Frankfurt zurück, promovierte aber in Basel. Danach lehrte er in Frankfurt an der Juristischen Fakultät und wurde dort Professor.
Martin Benckendorf erwarb sich an der Universität Frankfurt ein hohes Ansehen und war auch wegen seiner Persönlichkeit anerkannt.
Werke
Von Martin Benckendorf sind einige juristische Drucke erhalten
Clarissimo, doctrina & virtute p(...), 1590
Repetitio et explicatio rubricae et Libri I. ff. de regulis iuris, 1593
Ephemerides Novae Annorum, 1599, mit David Trost
Collegii De Contractibus Disputatio nona. De Stipulationibus Et Fideiussoribus, 1606
Ad Ius Contractuum, Disputationes XIII, 1606
Seraphinis, Seraphinus de: Tractatus de privilegiis iuramenti, 1610