In seinem ersten Jahr für die Suns erzielte Morris 7,4 Punkte und 4,4 Rebounds pro Spiel. Im Laufe der Saison 2012/13 wurde sein Bruder von den Houston Rockets verpflichtet.[1] Damit waren sie nach Tom und Dick Van Arsdale erst das zweite Zwillingspaar, das gemeinsam für dasselbe NBA-Team spielte (Brook und Robin Lopez, ebenfalls Zwillinge, die einige Jahre vor den Morris-Brüdern in die NBA kamen, spielten zunächst in verschiedenen Teams; erst ab 2019 waren sie gemeinsam für die Milwaukee Bucks aktiv). Sein zweites NBA-Jahr schloss Morris mit 8,2 Punkten und 4,8 Rebounds ab.
Morris verbesserte sich über die nächsten zwei Jahre weiterhin, so dass er in seinem vierten Jahr 15,3 Punkte, 6,2 Rebounds und 2,5 Assists erzielte. Vor der Saison 2015–16 wurde sein Bruder Marcus Morris an die Detroit Pistons abgegeben, was Markieff Morris missfiel.[2]
Markieff brachte in der Folge Unruhe in die Mannschaft, sodass er im Februar 2016 zu den Washington Wizards transferiert wurde.[3] Mit den Wizards konnte er 2017 und 2018 die Playoffs erreichen. Während der Playoffs 2017 verletzte sich Morris am Knöchel, stand jedoch wenige Tage später wieder ohne sichtbare Einschränkungen auf dem Spielfeld. Die Medien spekulierten deshalb, er habe seinen Zwillingsbruder Marcus spielen lassen. Dies habe, so Morris selbst, im Jahre 2013 schon einmal funktioniert.[4]
Nach etwa der Hälfte der Saison 2018–19 wurde Morris zu den Oklahoma City Thunder transferiert. Dort konnte er ebenfalls die Playoffs erreichen, musste das Team jedoch schon nach nur einem halben Jahr wieder verlassen.
In der Folgesaison spielte er zunächst für die Detroit Pistons, ehe sein Vertrag aufgelöst wurde und er im Februar von den Los Angeles Lakers unter Vertrag genommen wurde.[5] Kurze Zeit vorher hatte sich sein Bruder Marcus dem Stadtrivalen Los Angeles Clippers angeschlossen. Nach Stationen bei den Miami Heat und den Brooklyn Nets wechselte Morris im Februar 2023 zusammen mit Kyrie Irving zu den Dallas Mavericks.[6]