Im 16. Jahrhundert wurde die Bevölkerung im Raum Hannover durch die Einführung der Reformationevangelisch-lutherisch. In den Jahrzehnten vor dem Zweiten Weltkrieg lebten nur wenige Katholiken in Ahlem, sie gehörten zur Kirchengemeinde „St. Benno“ in Linden-Nord. In der Nachkriegszeit stieg durch den Zuzug von Flüchtlingen und Heimatvertriebenen aus den Ostgebieten des Deutschen Reiches die Zahl der Katholiken in Ahlem stark an, so dass seit 1946 katholische Gottesdienste in Ahlem gehalten werden. Der erste Gottesdienst fand am 1. Mai 1946 in einem Flüchtlingslager statt, in dem zuvor das KZ-Außenlager Hannover-Ahlem untergebracht war. Von 1955 an diente die evangelischeNotkirche auch den Katholiken für ihre Gottesdienste, später dann der Gemeindesaal der evangelischen Martin-Luther-Gemeinde.
Im Mai 1963 erfolgte die Grundsteinlegung für die Maria-Trost-Kirche, und am 4. Juli 1964 folgte durch BischofHeinrich Maria Janssen ihre Konsekration. Das Einzugsgebiet der neuen Kirche umfasste Ahlem und den Norden von Davenstedt. Am 1. Juli 1965 wurde die Kirchengemeinde „Maria Trost“ eingerichtet, sie gehörte noch bis 1973 als Kuratiegemeinde zur Pfarrei „St. Benno“.
Seit dem 1. Mai 2007 gehört die Kirche zum damals neu errichteten Dekanat Hannover, zuvor gehörte sie zum Dekanat Hannover-West. Seit 2009 erfolgt im Pfarrheim eine Lebensmittelausgabe an Bedürftige, „Ahlemer MAHLzeit“ genannt. Seit dem 1. September 2010 gehört die Kirche zur Pfarrgemeinde „St. Godehard“, die Kirchengemeinde „Maria Trost“ wurde in diesem Zusammenhang aufgehoben.[2]
Seit Juli 2015 ist das ehemalige Pfarrhaus an den Verein LebensTraum Leinemasch e.V. vermietet, der dort eine Wohngemeinschaft für Erwachsene mit Behinderungen eingerichtet hat.[3]