Sie heiratete per procurationem am 8. September 1787 in Florenz, persönlich am 18. Oktober 1787 in Dresden ihren Cousin Prinz Anton von Sachsen (1755–1836), Sohn des Kurfürsten
Friedrich Christian von Sachsen und der Prinzessin Maria Antonia von Bayern. Anlässlich der Eheschließung war geplant, Mozarts Oper Don Giovanni am 14. Oktober in Prag uraufzuführen, wo Maria Theresia auf ihrer Reise von Florenz nach Dresden Station machte, doch gelang es nicht, diesen Termin einzuhalten.[1]
Königin Maria Theresia starb nach kurzer Krankheit am 7. November 1827, nur ein halbes Jahr nach der Thronfolge ihres Gemahls als König von Sachsen, mit 60 Jahren in Leipzig, wo sich das Paar auf der Huldigungsreise durch das Königreich befand. Die vier Kinder ihrer Ehe starben bereits im Säuglingsalter. Maria Theresia wurde in der Wettiner-Gruft unter dem Nordwestschiff der Dresdener Hofkirche beigesetzt.[4]