Manuel Ruedi ist der Sohn von Emile und Luciana Ruedi geborene Peregrina. 1986 erlangte Ruedi das Lizenziat in Naturwissenschaften an der Universität Lausanne. 1988 graduierte er zum Master of Science in Biologie. 1994 wurde er unter der Leitung von Peter Vogel mit der Dissertation Zoogéographie et taxonomie des Crocidurinés d’Asie du Sud-Est (Insectivora, Mammalia) zum Ph.D. in Zoologie an der Universität Lausanne promoviert. Von 1995 bis 1996 absolvierte er eine Postdoktoranden-Phase als Stipendiat unter der Leitung von James L. Patton am Museum of Vertebrate Zoology der University of California, Berkeley. 1997 erhielt er ein Forschungsstipendium der Schweizer Regierung.
Ruedis Forschungsinteressen konzentrieren sich auf phylogenetische und biogeographische Rekonstruktionen basierend auf molekularen Daten. Ferner entwickelte er mehrere Forschungsprogramme zur populationsgenetischen Struktur und Systematik von Fledermäusen.
↑Justin B. Lack, Zachary P. Roehrs, Craig E. Stanley, Jr., Manuel Ruedi, Ronald A. Van Den Bussche: Molecular phylogenetics of Myotis indicate familial-level divergence for the genus Cistugo (Chiroptera). Journal of Mammalogy 91(4), 2010, S. 976–992. doi:10.1644/09-MAMM-A-192.1