Pinheiro Chagas gründete mehrere Zeitschriften, war Journalist für diverse Zeitungen und ebenfalls Chefredakteur, außerdem Mitglied der Akademie der Wissenschaften in Lissabon. Zudem war er von 1883 bis 1886 Marine- und Kolonialminister von Portugal. Er übersetzte Alexandre Dumas und Jules Verne aus dem Französischen ins Portugiesische. Als Herausgeber war er zudem ein bedeutender Vertreter des portugiesischen Positivismus. Sein Werk ist bisher nicht ins Deutsche übertragen worden.
Der Gelehrte und Schriftsteller wurde am 7. Mai 1895 in Lissabon ermordet.
Bibliographie (Auswahl)
Historia de Portugal, desde os tempos mais remotos ate a actualidade (1867–1874), Herausgeber der achtbändigen Nationalgeschichte des Landes