Im Vergleich zur Saison 2010/11 veränderte sich die Zusammensetzung der Liga folgendermaßen: Die Vittoriosa Stars stiegen nach nur einem Jahr als letztplatzierte Mannschaft der Abstiegsgruppe wieder in die First Division (zweithöchste Spielklasse) ab und wurden durch die Balzan Youths ersetzt, welche als Meister der First Division nach sieben Jahren wieder erstklassig wurden. Weiters kehrten aufgrund einer Ligaaufstockung von zehn auf zwölf Vereine der FC Mqabba und der FC Mosta nach drei bzw. fünf Jahren wieder in die Premier League zurück.
Nur wenige Stadien in Malta verfügten über die nötige Infrastruktur, um regelmäßig Premier-League-Matches abhalten zu können. Diese waren das Ta’ Qali-Stadion, das Victor Tedesco Stadion und der Hibernians Football Ground. Jede Mannschaft verfügte zwar über einen eigenen Trainingsplatz, allerdings wurden auf diesen in der Regel keine Matches gespielt. Daher fanden die Spiele üblicherweise auf neutralem Boden statt, was die Unterscheidung zwischen Heim- und Auswärtsspielen im Wesentlichen hinfällig macht.
Nach einer Vorrunde, bestehend aus einer Hin- und einer Rückrunde, wurde die Liga in zwei Sechsergruppen geteilt: Die besten sechs Mannschaften spielten in der Meisterrunde um den Titel und die internationalen Startplätze, die sechs schlechtesten Mannschaften gegen den Abstieg. Dabei wurden die in der Vorrunde erreichten Punkte zur Hälfte gutgeschrieben (halbe Punkte wurden aufgerundet).
Für einen Sieg gab es drei Punkte, für ein Unentschieden einen und für eine Niederlage keinen Punkt. Bei Punktgleichheit war für die Entscheidung um die Meisterschaft, Europa-League-Teilnahme und die Abstiegsplätze ein Entscheidungsspiel vorgesehen. Die beiden Letztplatzierten mussten in die First Division absteigen.
