Malintrat liegt etwa neun Kilometer nordöstlich von Clermont-Ferrand. Umgeben wird Malintrat von den Nachbargemeinden Saint-Beauzire im Norden, Lussat im Nordosten, Pont-du-Château im Osten und Süden, Aulnat im Süden sowie Gerzat im Westen und Nordwesten.