Magnien liegt etwa 55 Kilometer westsüdwestlich von Dijon. Umgeben wird Magnien von den Nachbargemeinden Jouey im Norden, Arnay-le-Duc im Osten und Nordosten, Saint-Prix-lès-Arnay im Osten, Maligny im Südosten, Viévy im Süden und Südwesten, Voudenay im Westen und Südwesten sowie Marcheseuil im Nordwesten. Im südlichen Gemeindegebiet verläuft das Flüsschen Villeneuve.