Die Liste der Museen in Hamburg enthält sowohl eine Auflistung von Museen aus allen thematischen Bereichen, als auch Sammlungen, Gedenkstätten und Ausstellungshäuser in der Freien und Hansestadt Hamburg. Darüber hinaus museumsähnliche Einrichtungen, sofern diese entsprechenden Verbänden (beispielsweise Museumsverband Hamburg e. V.) angehören oder an der Hamburger Langen Nacht der Museen teilnehmen oder in mehreren Veröffentlichungen unter der Rubrik Museen aufgeführt werden.
Nicht aufgelistet sind in der Regel die zahlreichen Galerien und Ausstellungen in Hamburg, bei denen der Verkauf im Vordergrund steht oder Einrichtungen die überwiegend einem anderen Zweck dienen, wie die Kirchen in Hamburg oder das Hamburger Rathaus, sofern diese nicht selbst auch ein Museum eingerichtet haben.
Die Liste erhebt nicht den Anspruch auf Vollständigkeit und ergänzt den Artikel Kultur in Hamburg, in dem eine thematische Zuordnung und weitere Erläuterungen zu finden sind.
In eigenen Abschnitten sind nicht mehr bestehende Museen sowie Museen außerhalb Hamburgs mit besonderem Bezug zur Hansestadt aufgeführt.
Arbeitsmuseum (von 1931 bis ? an der Friedrich-Ebert-Str. 15, jetzt Gorch-Fock-Wall. Gegenstände, Schaubilder, Modelle auf dem Gebiet Arbeitswesen, Arbeitsschutz, Arbeit im Hafen und Schifffahrt)
Eisenbahnmuseum Hamburg-Wilhelmsburg (Sammlung von Schienenfahrzeugen ab den 1950er Jahren vom Museum für Hamburgische Geschichte und privaten Vereinen begonnen und ab 1981 im Bw Hamburg-Wilhelmsburg teilweise der Öffentlichkeit zugänglich gemacht. Durch einen Brand des Rundlokschuppens 1994 und letztlich mit der Aufgabe/Verkauf des Geländes durch die Deutsche Bahn scheiterte eine Fortführung)
Erotic Art Museum Hamburg (1992 bis 2007, erotische Kunstwerke vom 6. Jahrhundert bis zur Gegenwart; Verbleib der Sammlung ist ungeklärt)
Museum Godeffroy (von 1861 bis 1885 – Sammlung verkauft. Zoologisches, botanisches und völkerkundliches Museum)
Museum J.F.G. Umlauff (ab 1868 als Naturalienhandlung und Museum am Spielbudenplatz, später Handelsmuseum und Völkerkundliches Institut in Stellingen; Ethnografische Sammlung und völkerkundliche Modelle)
St.-Jacobi-Kirchenmuseum (von 1930 bis zum Zweiten Weltkrieg, erstes Kirchen-Museum in Deutschland in den St.-Jacobi-Turmräumen; alte Kirchenausstattungen, Dokumente, Darstellungen)
Schulmuseum Altona (bis 1930er Jahre in der alten Heiligengeist-Kapelle, in dieser dann Ausstellungsräume der NS-Kulturgemeinde bis Kriegszerstörung)
Die in den Nachbarorten Hamburgs, in Schleswig-Holstein und Niedersachsen gelegenen Museen werden des Öfteren in Publikationen zur Hamburger Museumslandschaft gezählt. Zudem bestehen in der weiter gefassten Metropolregion Hamburg verschiedene Kooperationen mit Hamburger Museen, beispielsweise im Bereich der Vermarktung oder gemeinsamer Angebote von Eintrittskarten. Eine genaue Abgrenzung ist diesbezüglich schwierig, weshalb nachfolgend nur einige Museen mit besonderem Hamburg-Bezug aufgeführt sind.
Niedersachsen
Burgwall Hollenstedt (Wiederhergerichtete Wallanlage „Alte Burg“, Außenstelle des Archäologischen Museum Hamburg)
Freilichtmuseum am Kiekeberg in Rosengarten-Ehestorf (Gründung und ehemalige Außenstelle des Archäologischen Museum Hamburg)
