Hannigan war lange Jahre Begleiterin ihres Landsmanns Damien Rice und war vom Debütalbum O (2002) bis zum Album 9 (2006) die weibliche Stimme in Rices Musik.
Nach der Trennung am 26. März 2007 machte Hannigan sich selbständig und arbeitete an eigenen Songs, die sie über MySpace veröffentlichte, und an ihrem Debütalbum. Im Jahr darauf ging sie im Vorprogramm von Jason Mraz bei dessen Auftritten in Kanada auf Tour, bevor sie im September 2008 in ihrer Heimat ihr Debütalbum Sea Sew veröffentlichte. Es erreichte auf Anhieb die Top 3 der irischen Charts und wurde mit Platin ausgezeichnet.[1] Im Jahr darauf erschien das Album auch in Großbritannien und den Vereinigten Staaten und konnte sich auch dort in den Hitparaden platzieren.
Für den Animationsfilm Die Melodie des Meeres(Song of the Sea) sprach sie die Rolle der Bronach. Zudem spricht sie den Charakter Blue Diamond in der Zeichentricksendung Steven Universe.