Lautern wird erstmals 1225 überliefert. Der Ort bestand über Jahrhunderte nur aus der Kirche, einem Pfarr- und Mesnerhaus, einigen Mühlen und einem Gasthaus. Diesen Charakter hat sich Lautern bis heute bewahrt.
1219 ist ein Ritter Eberhard von Lauterstein auf der nahegelegenen Burg Lauterstein nachweisbar. Ende des 14. Jahrhunderts dürften die Freybergs zu Bach die Burg und den Ort übernommen haben. 1484 traten die Herren von Bernhausen die Nachfolge der Bachs an. Diese verkauften die Lauterner Güter 1516 an das Kloster Blaubeuren.