Anschließend war er von 1982 bis 1986 als Nachfolger von James E. BakerBundesstaatsanwalt für den Nord-Bezirk von Georgia, ehe er von 1986 bis 2001 als Partner in die Kanzlei King & Spalding zurückkehrte. Während seiner anwaltlichen Tätigkeit war er zudem Fellow des American Board of Criminal Lawyers sowie Mitglied des Board of Directors des National Center for State Courts.
Nach seinem Ausscheiden aus dem Regierungsdienst kehrte er in die Privatwirtschaft zurück und war zwischen 2003 und 2005 nicht nur Mitglied des Board of Directors von Delta Air Lines, sondern von 2003 bis 2004 auch Senior Fellow der Brookings Institution. Seit 2004 ist Thompson Senior Vicepresident sowie Chefrechtsberater von PepsiCo und war zeitweise auch Mitglied des Board of Directors der US Chamber of Commerce sowie der Providian Financial Corporation. Im Jahr 2006 gehörte er zu den Kandidaten für die Nachfolge von Sandra Day O’Connor am Supreme Court of the United States; später wurde er als möglicher Attorney General für den Fall eines Sieges von John McCain bei den Präsidentschaftswahlen 2008 gehandelt.[1]