Das Wasser des Sees ist stark verschmutzt. Eine Reihe der Gesetze aus den 1980er und den 1990er Jahren wie das Lake Apopka Restoration Act (1985), das Surface Water Improvement and Management Act (1987) und das Lake Apopka Improvement and Management Act (1996) haben zum Ziel, die Wasserqualität zu verbessern. Die Anstrengungen werden durch die Behörde St. Johns River Water Management District koordiniert.