Choiseul durchlief schnell, beeinflusst von seinen Eltern, eine klerikale Laufbahn. Am 23. August 1738 erhielt er in Paris seine Tonsur. Im September 1745 empfing er die Niederen Weihen und wurde Subdiakon. Durch seinen Cousin, den Bischof von Châlons-sur-Marne, Claude-Antoine de Choiseul-Beaupré wurde er am 17. Dezember 1746 Diakon und zum Priester geweiht. Sein Cousin ernannte ihn darauf zum Generalvikar.
Am 14. Mai 1758 wurde er als Bischof von Évreux auserwählt und am 2. Oktober bestätigt. Seine Bischofsweihe empfing er dann am 29. Oktober 1758. Bereits kurz darauf, im April 1759 wurde er als Erzbischof von Albi auserwählt und am 28. Mai 1759 als solcher eingesetzt. Ebenfalls 1759 erfolgte seine Ernennung zum Abt der Abtei Sankt Arnulf in Metz, ein Amt, das er bis zu seinem Lebensende innehatte.