Von 1999 bis 2002 war Kornelius Sipayung Pfarrer in Kabanjahe, bevor er für weiterführende Studien nach Rom entsandt wurde. 2005 erwarb er an der Päpstlichen Universität Gregoriana ein Lizenziat im Fach Dogmatik. Sipayung war von 2005 bis 2015 Ausbilder der Seminaristen der Kapuziner in Pematang Siantar und Dozent an der Hochschule St. John. Ab 2012 war er zudem Guardian der Niederlassung der Kapuziner in Pematang Siantar und Vize-Provinzial der OrdensprovinzMedan. 2015 wurde Kornelius Sipayung Provinzial.