Von 1. Mai 2013 bis 1. Juli 2019 war Nelte Leiter des Stabes Organisation und Revision im Bundesministerium der Verteidigung, Berlin.[4] Hiermit verbunden war auch die Beförderung zum Konteradmiral. Er war unter anderem Prozessdirektor und als solcher für die formalisierten Prozesse in der Bundeswehr verantwortlich.[5] Er unterstand direkt StaatssekretärGerd Hoofe.
Im Juli 2019 wurde Nelte, unter Beförderung zum Vizeadmiral, Nachfolger von GeneralleutnantHans-Werner Wiermann als Deutscher Militärischer Vertreter im Military Committee der NATO und EU in Brüssel (Belgien).[6] Ende September 2023 trat er in den altersbedingten Ruhestand ein.
Werke
Ernst-Christoph Meyer, Walter Huhn, Klaus-Michael Nelte: Wörterbuch zur Sicherheitspolitik – Deutschland in einem veränderten internationalen Umfeld. 7. Auflage, Mittler, Hamburg Berlin Bonn 2008
Neuausrichtung auf einem guten Weg. (PDF) In: Reserve aktuell. Mai 2014, S. 4, archiviert vom Original (nicht mehr online verfügbar) am 26. August 2018; abgerufen am 18. April 2022 (Interview mit Konteradmiral Nelte zu seinen Aufgaben als Leiter des Stabes Organisation und Revision).