Ryuko kehrt zum Kampf mit Omiko zurück, was, nach anfänglichen Störungen durch Mako, in einem Tennis-Match zwischen den beiden mündet. Zwar ist Ryuko zu Beginn unterlegen, doch gelingt es ihr schließlich, mit ihrer Scherenklinge zurückzuschlagen, Omikos Goku-Uniform zu zerstören und so einen technischen Sieg zu erlangen. Daraufhin erscheint Satsuki persönlich vor Ryuko und fordert sie zu einem Kampf heraus, aus dem Ryuko aber flieht, als sie erkennt, dass Satsukis Schwert eine zu große Gefahr für sie ist.

Doch stellt sich nun Maiko als Agentin des Komitees für Schuldisziplin heraus, deren eigentliches Ziel es ist, an Senketsu zu gelangen und mit dessen Kraft Satsuki zu entmachten und ihre Position einzunehmen. Weil Senketsu nach der Wäsche aber noch zu steif ist, kann diese sich nicht bewegen und wird umgehend von Ryuko überwältigt. Während nur noch 5 Minuten bis zum Schulbeginn verbleiben, nutzt Maiko ihren letzten Trumpf, um Mako und Ryuko wieder zum Anfang des Parcours zurückzuschicken. Dort entführen die beiden eine Express-Seilbahn und erreichen in letzter Sekunde und unter beachtlicher Zerstörung den Klassenraum, während Ira Gamagoori (Vorsitzender des Komitees für Schuldisziplin und einer der „Elite Vier“), der Maikos Treiben per Überwachungskamera verfolgt hatte, diese für ihren Verrat von der Schule verweist.

Uzu, der sich damit aber nicht geschlagen geben will, ergreift eine drastische Maßnahme und lässt sich seine Augen zunähen, was ihn zwingt seine anderen Sinne zu benutzen. In einem erneuten Kampf mit Ryuko zeigt er sich so deutlich überlegen und in der Lage, alle ihre Bewegungen vorauszuahnen, doch als er zum finalen Schlag ansetzen will, überhitzt sich seine Goku-Uniform, welche nicht für seine neugewonnene Kraft ausgelegt war, und Ryuko nutzt die Gelegenheit zur Flucht.

Während der Fahrt werden sie von den Automobil- und Airsoft-Clubs angegriffen, die sich zusammengeschlossen haben, um Ira seine Drei-Sterne-Goku-Uniform „Shackle Regalia“ abzunehmen. Nachdem Ira sich an sein erstes Treffen mit Satsuki zurückerinnert hat, lässt er seiner Uniform, die die Kräfte des Masochismus nutzt, freien Lauf und diese verwandelt sich in „Scourge Regalia“, wodurch seine Gegner schnell vernichtend geschlagen werden. Am Ende der Woche versammeln sich die stärksten Schüler der Honnouji-Akademie zur finalen Phase der „Wahl“, die nur die „Elite Vier“ und Ryuko überstehen. Daraufhin bietet Satsuki Ryuko an, gegen jeden der „Elite Vier“ in den Kampf zu ziehen. Sollte sie aus allen Kämpfen als Sieger hervorgehen, werde ihr Satsuki mehr über den Tod ihres Vaters verraten. Ryukos erster Gegner wird Ira.

In der Folge betritt Nonon mit ihrer Drei-Sterne-Goku-Uniform „Symphony Regalia“, welche sich in ein großes Fluggerät verwandelt und Ryuko mit Schallwellen angreift, die Arena. Im Zuge des Kampfes zerstört Nonon die gesamte Arena, in der Hoffnung, dass Ryuko zu Boden fällt und so den Kampf verliert, doch diese kann rechtzeitig die neue Verwandlung „Senketsu Shippu“ ihres Kamuis aktivieren und verfolgt Nonon nun in der Luft. Inzwischen nimmt Aikuro, der über die Geschwindigkeit von Senketsus Weiterentwicklung besorgt ist, mit Tsumugu Kontakt auf und bittet ihn, Vorbereitungen für schlimmsten anzunehmenden Fall zu treffen.

Von Nuis Einmischung verärgert, verbannt Satsuki diese vom Schulgelände. Am folgenden Tag treffen sich Satsuki und die immer noch geschwächte Ryuko erneut und Satsuki verkündet, dass sie es gewesen sein, die Nui damit beauftragt habe, die Schere von Isshin zu stehlen. Ryukos Kampf gegen die „Elite Vier“ sei nur ein Vorwand gewesen, um genug Daten für die Perfektion der Goku-Uniformen zu sammeln, mit deren Hilfe sie nun jede Schule übernehmen werde, die sich ihrem Ziel in den Weg stelle.

Während die Elite Vier mit den Kämpfen im Dreistädteeck beschäftigt sind, überwältigt Ryuko ihre Gegner im Eiltempo und sammelt die Teile von Senketsu ein, so dass sie schließlich in Osaka wieder mit Mako zusammentrifft. Jetzt, da ihr zur Vervollständigung von Senketsu nur noch der Handschuh fehlt, will sich Ryuko einem Kampf gegen Satsuki stellen, die diesen an sich genommen hatte.

Während Ryuko gegen Nui kämpft, die im Zuge dieses Kampfes öffentlich erklärt, dass Satsuki bezüglich der Ermordung von Ryukos Vaters gelogen hat und in Wirklichkeit nur Nui und Ragyo dahinterstecken, gelingt es Satsuki im Kampf gegen ihre Mutter, dieser den Kopf abzutrennen. Durch die Verbindung mit den Lebensfäden überlebt Ragyo allerdings unbeschadet, überwältigt Satsuki und nimmt Junketsu wieder an sich. Als nun auch noch die, COVERS genannten, Lebensfäden-Anzüge am Himmel erscheinen, reißt Ragyo plötzlich Ryukos Herz aus deren Körper und offenbart ihr anhand der nun sichtbaren Lebensfäden, dass Ryuko die totgeglaubte Tochter (und somit auch Satsukis jüngere Schwester) ist.

Im Kampf zwischen Ryuko und Nui, wobei sich offenbart, dass diese ebenfalls einen Körper aus Lebensfäden besitzt, gelingt es Ragyo Ryuko zu verführen und ihr so Junketsu aufzuzwingen. Der beginnt daraufhin Ryukos Erinnerungen umzuschreiben, so dass diese zu glauben beginnt, ihr Leben lang liebevoll von ihrer Mutter Ragyo aufgezogen worden zu sein. Unterdessen gelingt Satsuki die Flucht und sie vereinigt sich mit den „Nudist Beach“-Truppen auf der Taiyoumaru. Als Ryuko, jetzt in Junketsu gekleidet, ebenfalls auf dem Schiff eintrifft, um Satsuki endgültig zu erledigen, verbündet diese sich mit Senketsu und stellt sich Ryuko.

Nach einem versöhnlichen Abendessen erläutert Satsuki Ragyos Plan, die Welt zu unterjochen, indem sie die ursprünglichen Lebensfäden in der Honnouji-Akademie mit einem Satelliten koppeln werde, um so jedes menschliche Wesen auf der Erde in ein Lebensfaden-Wesen zu verwandeln. Ryuko und Satsuki machen sich gemeinsam auf den Weg, gegen Ragyo anzutreten, während der Rest auf dem Schiff verbleibt, um es gegen ein riesiges COVERS zu verteidigen.

Ryuko absorbiert Junketsu und alle Goku-Uniformen und Senketsu verwandelt sich in Senketsu Kisaragi, woraufhin die beiden Ragyo folgen. Zwar kann Ryuko selbst mit der nun-kombinierten Schere nichts mehr gegen Ragyo ausrichten, doch wo sich Ragyo schon als Sieger wähnt, erklärt Ryuko, dass sie die „mütterlichen Hiebe“ nur hingenommen habe, um selber stärker zu werden. Mit Senketsus Kraft absorbiert sie jetzt auch Ragyos Shinra Koketsu, inklusive dessen Fähigkeit zur Kontrolle über alle Lebensfäden und befreit die Menschheit, denn 'Menschen seien Menschen und Kleidung sei Kleidung'. Im Angesicht der Niederlage setzt Ragyo ihrem Leben ein Ende, indem sie sich ihr eigenes Herz aus der Brust reißt und es zerquetscht, und Senketsu, von der Absorption des Shinra Koketsu an sein Limit getrieben, opfert sich selbst, um Ryuko mit letzter Kraft wieder zurück zur Erde zu befördern. Nachdem die Menschen nun wieder frei sind, jedwede Kleidung tragen zu können, beginnt auch für Ryuko, zusammen mit Mako und Satsuki, ein neuer Lebensabschnitt, während sie die Erinnerung an Senketsu weiter in ihrem Herzen bei sich trägt.