Kern liegt im äußersten Nordosten Lohmars an der Grenze zu Overath. Umliegende Ortschaften und Weiler sind Kulhoven im Nordwesten, Windhausen im Norden, und Viersbrücken im Nordosten, Holl im Süden, Hähngen im Südwesten, Hohnenberg und Honsbach im Westen.[1]
Gewässer
Nordöstlich von Kern entspringt ein größerer, orographisch rechter Nebenfluss des Naafbach.