Bevor sein Debüt als professioneller Manga-Zeichner erschien, zeichnete Tsuruta Dōjinshi und arbeitete als Assistent für mehrere Manga-Zeichner.
Seinen ersten Manga veröffentlichte er schließlich 1986 mit der Kurzgeschichte Hirokute Suteki na Uchū Janai ka (広くてすてきな宇宙じゃないか, dt. „Es ist ein großes, wunderbares Universum, nicht wahr?“). Diese wurde vom Kodansha-Verlag preisgekrönt und war gleichzeitig die erste in einer Reihe von Kurzgeschichten, die später im Sammelband Spirit of Wonder verlegt wurden. Die Spirit of Wonder-Geschichten erschienen noch bis 1995 in den Manga-MagazinenMorning und Afternoon, wurden in einen Anime-Film und eine OVA verfilmt und in mehrere Sprachen übersetzt.
In den folgenden Jahren entwickelte Tsuruta einen grafisch sehr detaillierten Zeichenstil und zeichnete nur wenige Manga. Seine ArtbooksHydrogen und Eternal wurden jedoch zu großen Erfolgen und die Anime-Serie Abenobashi Mahō Shōtengai, für die er das Charakterdesign entwarf und eine dazugehörige Manga-Serie zeichnete, erreichte unter Anime-Fans Kultstatus. Sein 2003 veröffentlichter Manga Forget-me-not, der Episoden aus dem Alltag einer jungen japanischen Detektivin in Venedig beschreibt, musste in Japan innerhalb von kürzester Zeit nachgedruckt werden und erschien unter anderem auch in Frankreich und Deutschland.
Für seine herausragende künstlerische Leistung erhielt Tsuruta sowohl 2000 als auch 2001 den Seiun-Preis für Science-Fiction-Literatur.
Zudem arbeitet er als Illustrator und zeichnete unter anderem die Cover für die japanische Romanausgabe des Verlags Tōkyō Sōgensha von Captain Future oder die Ausgaben des S-F Magazine Jahrgang 2000, sowie Illustrationen für Romanreihen, wie Shinji KajiosEmanon für die er auch die Manga-Adaption zeichnete, Miyuki MiyabesBrave Story oder Hiroshi MorisSky Crawler.