Kenan Thompson wurde in Atlanta geboren und wuchs dort auf. Er ist der Sohn von Fletcher und Elizabeth Ann Thompson. Thompson hat zudem zwei Geschwister. Er begann mit der Schauspielerei im Alter von fünf Jahren. Eine seiner ersten Rollen war als Kinderreporter für CNN in der Sendung Real News for Kids. Im Alter von 16 Jahren begann er seine ersten Dreharbeiten zu dem Film Mighty Ducks II – Das Superteam kehrt zurück. Bekannt wurde er durch die Comedyserie All That und dem Spin-off Kenan & Kel. Kenan Thompson spielte auch in vielen anderen Filmen mit, wie z. B. Lügen haben kurze Beine, Fat Albert und Snakes on a Plane.