1997 übernahm er die Stelle als Musikdirektor am neu gegründeten Malaysian Philharmonic Orchestra (MPO). Zu Irritationen kam es, als Bakels erfuhr, dass der englische Dirigent James Judd ab September 2003, noch vor dem Ende seines bis 2005 laufenden Vertrags als neuer Musikdirektor engagiert werden sollte und Bakels damit drohte, seinen Vertrag nicht mehr erfüllen zu wollen. Im April 2004 einigten sich das MPO und Bakels, ohne dass die Öffentlichkeit über die Einzelheiten dazu etwas erfuhr und zu einem Engagement Judds kam es dann doch nicht mehr. Bakels blieb weiter Musikdirektor bis Matthias Bamert 2005 einvernehmlich und offiziell den Taktstock übernahm und Bakels zum Ehrendirigenten des Orchesters ernannt wurde.